El Programa de Derechos Indígenas tiene como objetivo apoyar en la implementación y ejercicio efectivo de los derechos de los pueblos indígenas y afromexicano, así como de las personas que los integran, mediante la realización de proyectos y acciones de capacitación, defensa estratégica, asesoría, investigación comunitaria, promoción, acompañamiento y difusión, con la finalidad de fortalecer sus instituciones, formas de gobierno y organización, así como sus culturas e identidades colectivas, en el marco de una nueva relación con el Estado Mexicano.