En el ámbito de sus respectivas competencias, las entidades de la Administración Pública Federal participan en la regulación y operación de programas y procedimientos vinculados al comercio exterior. Es por ello que el 29 de junio de 2021, en la Primera Sesión Ordinaria del Comité, se aprobó por mayoría de votos la inclusión de la Secretaría de Marina para ser miembro con voz y voto, derivado de las nuevas atribuciones encomendadas a la Secretaría Marina, las cuales están vinculadas a las acciones desarrolladas en el marco del Comité Nacional de Facilitación del Comercio; tales como representar al país en las negociaciones de los Tratados Internacionales en materia marítima en el ámbito de su competencia; regular las comunicaciones y transportes por agua; regular, promover y organizar a la marina mercante.